首先要說明的是，農(nóng)信社和農(nóng)業(yè)銀行雖然都是金融機(jī)構(gòu)，但他們的區(qū)別還是很大的，一個(gè)是“社”，一個(gè)是“行”。
1、組織機(jī)構(gòu)
農(nóng)村信用合作社(規(guī)模較大的可改制為農(nóng)商行)是指經(jīng)中國人民銀行批準(zhǔn)設(shè)立、由社員入股組成、實(shí)行民主管理、主要為社員提供金融服務(wù)的農(nóng)村合作金融機(jī)構(gòu)，其前身是央行在農(nóng)村的網(wǎng)點(diǎn)。農(nóng)信社原來是隸屬于農(nóng)業(yè)銀行管轄的，其國內(nèi)的歷史最早能追溯到建國之前，國際上最早能追溯到1849年的德國。
直到1996年8月，國務(wù)院頒發(fā)《關(guān)于農(nóng)村金融體制改革的決定》，明確農(nóng)村信用社與中國農(nóng)業(yè)銀行脫離行政隸屬關(guān)系，對其業(yè)務(wù)管理和金融監(jiān)管分別由縣聯(lián)社和中國人民銀行承擔(dān)，然后按合作制原則加以規(guī)范。
農(nóng)信社雖然也是銀行類金融機(jī)構(gòu)，但是它是基于合作制的基礎(chǔ)上，吸收股份制運(yùn)作機(jī)制組成的股份合作制的社區(qū)性地方金融機(jī)構(gòu)，其業(yè)務(wù)經(jīng)營是在民主選舉的基礎(chǔ)上由社員指定人員管理經(jīng)營，并對社員負(fù)責(zé)。
農(nóng)業(yè)銀行是按照公司治理形式組建的股份制企業(yè)，也是四大國有獨(dú)資商業(yè)銀行之一，是中國金融體系的重要組成部分。農(nóng)業(yè)銀行的前身最早可追溯至1951年成立的農(nóng)業(yè)合作銀行。
2、經(jīng)營模式
很明顯，銀行這種事屬于典型的躺著賺錢的機(jī)構(gòu)，而農(nóng)信社系統(tǒng)雖然也賺不少，但其更多的負(fù)擔(dān)著支持農(nóng)村發(fā)展的重任。
但農(nóng)信社與農(nóng)業(yè)銀行的級別也不是一個(gè)量級的。農(nóng)信社原先是各社法人，后來變成縣聯(lián)社法人，接著又成立省聯(lián)社管理全省的農(nóng)信社、農(nóng)合銀行、農(nóng)商銀行，因此可以算是縣聯(lián)社的上級機(jī)構(gòu)，一般來說為正廳級機(jī)構(gòu)，如果是這樣的話，那么農(nóng)信社差不多就是副廳級。而目前五大國有行包括三大政策行，都屬于副部級機(jī)構(gòu)。
另外，農(nóng)信社只有規(guī)模達(dá)到一定程度，資本充足率、不良貸款率和呆賬準(zhǔn)備充足率等指標(biāo)都符合農(nóng)村商業(yè)銀行的標(biāo)準(zhǔn)，報(bào)中國銀監(jiān)局審批，同意后，才能進(jìn)行籌建改制掛牌成為農(nóng)村商業(yè)銀行。
不過，農(nóng)信社全面改組成農(nóng)商行是大趨勢。因?yàn)榈胤秸疅o法通過股權(quán)控制農(nóng)商行（國有企業(yè)成分不可超過10％、政府和融資平臺不得入股），在法人股東比例上升的情況下（縣域農(nóng)商行法人股比例超過35％，市區(qū)農(nóng)商行法人股比例超過50％），其控制力會(huì)不斷削弱。
就具體業(yè)務(wù)來說，農(nóng)業(yè)銀行是具有信用創(chuàng)造功能、能向客戶提供多種金融服務(wù)的綜合性金融機(jī)構(gòu)，而農(nóng)信社功能比較單一，主要資金來源是合作社成員繳納的股金、留存的公積金和吸收的存款；貨款主要用于解決其成員的資金需求。
3、資產(chǎn)規(guī)模
別小看農(nóng)信社，其網(wǎng)點(diǎn)比最多的郵儲(chǔ)銀行還多。論資產(chǎn)規(guī)模的話，如果算上整個(gè)農(nóng)信系統(tǒng)，其資產(chǎn)規(guī)模比宇宙行，工商銀行還多。官方發(fā)布的2015年度農(nóng)村合作金融機(jī)構(gòu)（包括農(nóng)村信用社、農(nóng)村合作銀行、農(nóng)商銀行，下同） 共享數(shù)據(jù)顯示，截至2015年末，農(nóng)村合作金融機(jī)構(gòu)總資產(chǎn)25.81萬億元，而同期工商銀行2015年年報(bào)顯示其總資產(chǎn)為22.21萬億。
